Multicellular Dynamics

Biotecnología de levaduras y hongos

Dr José Ignacio Ibeas Corcelles

Investigador/a Principal

Resumen


 
Identificación y análisis de nuevas dianas en hongos patógenos de vegetales

Los hongos patógenos tienen en común su capacidad para cambiar la forma de crecimiento según en qué etapa de la infección se encuentren (levaduriforme, filamento, formación de estructuras especializadas de penetración, esporas, etc.). Estos cambios de desarrollo van acompañados por la secreción de proteínas que van a interactuar con el hospedador para evitar que este lo detecte o detenga su proliferación. Este constante cambio de comportamiento del hongo durante el proceso infectivo debe estar altamente regulado. En nuestro laboratorio estudiamos las proteínas que usan los hongos patógenos para infectar, así como los mecanismos que emplean para regular su expresión y controlar los diferentes cambios en su desarrollo durante el proceso infectivo. Para ello usamos el organismo modelo Ustilago maydis, un patógeno del maíz que causa lo que se conoce como el carbón del maíz. El uso combinado de técnicas de biología molecular para la edición génica de microorganismos, Espectrometría de Masas, RNA-seq y ChIP (Immunoprecipitación de Cromatina) entre otros, en combinación con técnicas de biología celular como microscopía de fluorescencia, nos han permitido determinar el papel de la modificación de la cromatina, en concreto la acetilación de histonas, en el proceso infectivo y encontrar nuevas proteínas implicadas en la lucha contra el hospedador. En estos momentos estamos estudiando nuevos sistemas con los que los hongos patógenos controlan la infección y caracterizando nuevas proteínas implicadas en la interacción con el hospedador. Muchos de estos mecanismos están conservados entre hongos, por lo que los resultados obtenidos mediante el  uso de U. maydis como organismos modelo pueden ser transferidos a otros hongos patógenos de vegetales e incluso de animales.

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Estudio de la biodiversidad de levaduras vínicas y cerveceras
 
Las levaduras juegan un papel esencial en la calidad final de las bebidas fermentadas, especialmente el vino y la cerveza. Aunque actualmente se conocen cepas de levaduras aisladas de dichas fermentaciones, que aportan características organolépticas específicas a la bebida, en los últimos años hay un resurgir de la demanda de nuevas cepas únicas, a veces con carácter territorial, otras donde predomine la potenciación de cierto aroma o sabor en el producto final, para su uso en bodegas y principalmente en micro-cervecerías. En nuestro laboratorio llevamos años estudiando las peculiaridades genéticas de estas levaduras y estudiando la biodiversidad de cepas presentes en las elaboraciones de vino fino. Actualmente nos estamos moviendo al mundo de la cerveza, donde estamos llevando a cabo una búsqueda sistemática de nuevas cepas locales con interés cervecero. Para ello hemos creado dos plataformas de investigación, una plataforma robótica para la manipulación y caracterización de multitud de aislados simultáneamente y una micro-cervecería de investigación, capaz de producir 500 L de cerveza para ensayar las levaduras seleccionadas.

Publicaciones recientes más relevantes


  • Schumbera E+, Mier P+, Andrade-Navarro MA*. Phase separating Rho: a widespread regulatory function of disordered regions in proteins revealed in bacteria. Signal Transduction and Targeted Therapy 8(2023), 253. PMID: 37344523.
  • Mier P*, Paladin L, Tamana S, Petrosian S, Hajdu-Soltész B, Urbanek A, Gruca A, Plewczynski D, Grynberg M, Bernadó P, Gáspári Z, Ouzounis C, Promponas VJ, Kajava AV, Hancock JM, Tosatto SCE, Dosztanyi Z, Andrade-Navarro MA. Disentangling the complexity of low complexity proteins. Brief Bioinform 21(2020), 458-472. PMID: 30698641.
  • Jarnot P, Ziemska-Legiecka J, Dobson L, Merski M, Mier P, Andrade-Navarro M.A., Hancock J.M., Dosztanyi Z, Paladin L, Necci M, Piovesan D, Tosatto S.C.E., Promponas V.J., Grynberg M., Gruca A*. PlaToLoCo: the first web meta-server for visualization and annotation of low complexity regions in proteins. Nucleic Acids Res 48(2020), W77-W84. PMID: 32421769.
  • Mier P, Elena Real C, Urbanek A, Bernadó P, Andrade-Navarro MA*. The importance of definitions in the study of polyQ regions: a tale of thresholds, impurities and sequence context. Comput Struct Biotechnol J 18(2020), 306-313. PMID:32071707.
  • Tørresen OK, Star B, Mier P, Andrade-Navarro MA, Bateman A, Jarnot P, Gruca A, Grynberg M, Kajava AV, Promponas VJ, Anisimova M, Jakobsen KS, Linke D*. Tandem repeats lead to sequence assembly errors and impose multi-level challenges for genome and protein databases. Nucleic Acids Res 47(2019), 10994-11006. PMID: 31584084.

Lista completa en Pubmed

Miembros del laboratorio


Investigador Beatriz Galindo:

Dr. Pablo Mier

Colaboradores:

Dr. Miguel Andrade-Navarro (Johannes Gutenberg University Mainz, Alemania)

Dr. Pau Bernadó (Centre de Biochimie Structurale, Francia)

Dr. Juan Cortés (LAAS-CNRS, Francia)

Dr. Aleksandra Gruca (Silesian University of Technology, Polonia)

Dr. Marcin Grynberg (Institute of Biochemistry and Biophysics, Polonia)

Dr. David Kreil (University of Natural Resources and Life Sciences Vienna, Austria)

Dr. Enrique Morett (Universidad Nacional Autonoma de Mexico, México)