Evolutionary Dynamics

Bacteriófagos y su relación con CRISPR-Cas y otros sistemas de defensa de bacterias

Dr. Antonio J. Pérez-Pulido

Investigador/a Principal

Resumen

Nuestro grupo de biología computacional está interesado en la anotación y análisis de genomas completos, con especial enfasis en el estudio de pangenomas bacterianos. Nuestro especial interés se centra en el análisis de la relación entre bacteriófagos y bacterias, y los sistemas de defensa y anti-defensa que usan en su constante lucha. En este contexto, el estudio de los sistemas inmunes bacterianos CRISPR-Cas, y como éstos se expanden y distribuyen dependiendo del contexto, es una de nuestras principales líneas de investigación actualmente.

Hipótesis de trabajo sobre la adquisición de sistemas CRISPR-Cas propuesta en Rubio et al., Sci. Adv. (2023).

En el campo de las enfermedades raras, nos interesa también el estudio de la enfermedad rara Atrofia Muscular Espinal (AME), con la cual trabajamos en la búsqueda de genes modificadores y fármacos que aumenten la cantidad de la proteína SMN, cuya falta provoca la enfermedad.

Cinco publicaciones relevantes

Rubio A, Garzón A, Moreno-Rodríguez A, Pérez-Pulido AJ. Biological warfare between two bacterial viruses in a defense archipelago sheds light on the spread of CRISPR-Cas systems. Cell Reports, 2024 Dec 24;43(12):115085.
Rubio,A., Sprang,M., Garzón,A., Moreno-Rodriguez,A., Pachón-Ibáñez,M.E., Pachón,J., Andrade-Navarro,M.A. and Pérez-Pulido,A.J. (2023) Analysis of bacterial pangenomes reduces CRISPR dark matter and reveals strong association between membranome and CRISPR-Cas systems. Science Advances, 9(12):eadd8911.
Rubio,A., Jimenez,J. and Pérez-Pulido,A.J. (2022) Assessment of selection pressure exerted on genes from complete pangenomes helps to improve the accuracy in the prediction of new genes. Briefings in Bioinformatics, 23, bbac010.
Rubio,A., Mier,P., Andrade-Navarro,M.A., Garzón,A., Jiménez,J. and Pérez-Pulido,A.J. (2020) CRISPR sequences are sometimes erroneously translated and can contaminate public databases with spurious proteins containing spaced repeats. Database, baaa088.
Mangas,E.L., Rubio,A., Álvarez-Marín,R., Labrador-Herrera,G., Pachón,J., Pachón-Ibáñez,M.E., Divina,F. and Pérez-Pulido,A.J. (2019) Pangenome of Acinetobacter baumannii uncovers two groups of genomes, one of them with genes involved in CRISPR/Cas defence systems associated with the absence of plasmids and exclusive genes for biofilm formation. Microbial Genomics, 5, e000309.