Organismal Dynamics

Dinámica Nuclear en Biología Celular y del Desarrollo

Dr Peter Askjaer

Investigador/a Principal

Resumen


Para el desarrollo de un organismo se requiere una organización precisa de numerosos procesos biológicos. Concretamente, el control de la expresión génica y una correcta división celular son de suma importancia para todas las formas de vida, y llevan implícitas grandes interacciones entre proteínas y cromatina. En células eucariotas, el acceso al genoma está controlado por la envoltura nuclear (EN), que actúa de barrera selectiva de permeabilidad y organizadora de la cromatina.

La EN está constituida por tres componentes mayoritarios: las membranas nucleares, los complejos de poro nuclear (NPCs) y la lámina nuclear. Los NPCs están compuestos por múltiples copias de aproximadamente 30 nucleoporinas diferentes, y regulan el transporte entre el citoplasma y el núcleo. Mediante un análisis sistemático, hemos identificado varias de las nucleoporinas esenciales para la correcta segregación de los cromosomas y para la reconstitución de la EN tras la mitosis. Así, recientemente hemos descrito una interacción entre la nucleoporina NUP107/NPP-5 y la proteína del Spindle Assembly Checkpoint MAD1. Para nuestro estudio de nucleoporinas y otras proteínas de la EN combinamos análisis de microscopía óptica avanzada, RNAi de amplio espectro y ensayos bioquímicos. 

Las interacciones entre la EN y la cromatina pueden ser estudiadas in vivo usando la técnica DamID. Aprovechando la flexibilidad genética del nematodo Caenorhabditis elegans, estamos analizando la dinámica de esas interacciones durante el desarrollo, teniendo en cuenta los antecedentes genéticos que imitan/reproducen situaciones patológicas humanas. En la actualidad, centramos nuestra atención en genes relacionados con enfermedades asociadas a la EN, conocidas en su conjunto como laminopatías.

Por último, también aspiramos a aclarar la función biológica de la proteína kinasa conservada VRK-1. Mediante su fosforilación, las proteínas kinasas actúan como reguladoras de hasta un ~30% del proteoma humano. Entre los sustratos de VRK-1 se incluyen proteínas de la cromatina (por ejemplo, BAF, histonas) y factores de transcripción (por ejemplo, TP53, JUN). La pérdida de actividad de VRK-1 en mamíferos se asocia con esterilidad y fenotipos neurológicos, pero el mecanismo de las enfermedades no está claro. Hemos descrito defectos específicos subcelulares y en la organogénesis en mutantes C. elegans para vrk-1, y estamos analizando su posible relación con la fisiología humana.

Cinco publicaciones relevantes


  • Romero-Bueno R, Fragoso-Luna A, Ayuso C, Mellmann N, Kavsek A, Riedel CG, Ward JD, Askjaer P. (2024) A human progeria-associated BAF-1 mutation modulates gene expression and accelerates aging in C. elegans. EMBO J, doi: 10.1038/s44318-024-00261-8.
  • Nkombo Nkoula S, Velez-Aguilera G, Ossareh-Nazari B, Van Hove L, Ayuso C, Legros V, Chevreux G, Thomas L, Seydoux G, Askjaer P, Pintard L. (2023) Mechanisms of nuclear pore complex disassembly by the mitotic Polo-like kinase 1 (PLK-1) in C. elegans embryos. Sci Adv, doi: 10.1126/sciadv.adf7826.
  • Fragoso-Luna A, Romero-Bueno R, Eibl M, Ayuso C, Muñoz-Jiménez C, Benes V, Cases I, Askjaer P. (2023) Expanded FLP toolbox for spatiotemporal protein degradation and transcriptomic profiling in Caenorhabditis elegans. Genetics, doi: 10.1093/genetics/iyac166.
  • Thomas L, Taleb Ismail B, Askjaer P, Seydoux G. (2023) Nucleoporin foci are stress-sensitive condensates dispensable for C. elegans nuclear pore assembly. EMBO J, doi: 10.15252/embj.2022112987.
  • Cabianca DS, Muñoz-Jiménez C, Kalck V, Gaidatzis D, Padeken J, Seeber A, Askjaer P, Gasser SM. (2019) Active chromatin marks drive spatial sequestration of heterochromatin in C. elegans nuclei. Nature, 569, 734-9.

Miembros del laboratorio y Colaboradores


 

Miembros del laboratorio

 

Investigador principal

Dr. Peter Askjaer (pask@upo.es)

Estudiantes de tesis

Celia Muñoz Jiménez
Raquel Romero Bueno
Patricia de la Cruz Ruiz

Estudiantes de Grado

Patricia Rider
Ana Blázquez Caraballo

Asistente de laboratorio

Cristina Ayuso García

Contacto

Despacho +34 954 348 396
Laboratorio +34 954 348 557

Ex-miembros del laboratorio

Dra. Elke PF Klerkx
Dra. Pilar Alarcón González
Dr. Eduardo Ródenas Martínez
Dra. María Jesús Rodríguez Palero
Dra. Cristina González Aguilera
Dra. Adela María Morales Martínez
Dra. Georgina Gómez Saldivar
Dra. Agnieszka Dobrzynska

Colaboradores

Dra Marta Artal-Sanz (CABD)
Dra Anita Fernandez (Uni Fairfield, CN, USA)
Dr Julien Dumont (JM, Paris, F) Dra Susan Gasser (FMI, Basel, CH)
Dr Peter Meister (Uni Bern, CH)
Dr Antonio Miranda-Vizuete (IBIS, Seville, ES) Dr Manuel J. Muñoz (CABD)

Plan Andaluz de Investigación, Desarrollo e Innovación (PAIDI) 

Formamos parte del Grupo BIO295 – Mecanismos de Desarrollo Animal

 

FLP-Based Toolkit for Spatiotemporal Control of Gene Expression


Strains carrying single-copy transgenes expressing codon-optimised FLP
Promoter Cell Type Strain Reference CGC
ckb-3 Somatic gonad BN854 Fragoso-Luna et al Yes
ceh-60 Multiple BN813 Van de Walle et al No
dat-1 Dopaminergic neurons BN617 Muñoz-Jiménez et al Yes
dpy-7 Hypodermal BN550 Muñoz-Jiménez et al Yes
eat-4 Glutamatergic neurons BN993 Rossi et al No
elt-2 Intestine* BN528 Muñoz-Jiménez et al Yes
gpa-14 Neurons BN1205 Fragoso-Luna et al No
hlh-8 M lineage BN502 Muñoz-Jiménez et al Yes
hlh-12 Distal tip cell BN1204 Fragoso-Luna et al Yes
hsp-16.41 Ubiquitous BN646 Muñoz-Jiménez et al Yes
lag-2 Multiple BN558 Muñoz-Jiménez et al Yes
lin-31 Multiple BN1023 Fragoso-Luna et al Yes
mec-7 Mechanosensory neurons BN498 Muñoz-Jiménez et al Yes
mex-5 Germ line BN711 Macias-Leon & Askjaer Yes
myo-2 Pharyngeal muscle BN543 Muñoz-Jiménez et al Yes
myo-3 Body wall muscle BN503 Muñoz-Jiménez et al Yes
nhr-82 Seam cell lineage BN455 Muñoz-Jiménez et al Yes
nhx-2 Intestine BN999 Fragoso-Luna et al Yes
rgef-1 Pan-neuronal BN507 Muñoz-Jiménez et al Yes
tph-1 Serotonin-producing neurons BN499 Muñoz-Jiménez et al Yes
UAS Gal4-compatible BN908 Ayuso & Askjaer Yes
unc-17 Cholinergic neurons BN1133 Fragoso-Luna et al No
unc-47 GABAergic motor neurons BN544 Muñoz-Jiménez et al Yes
unc-122 Coelomocytes BN1029 Fragoso-Luna et al Yes
ACEL-pes-10 Anchor cell AH5957 Spiri et al No

* Note that recombination is also detected in the somatic gonad (see panels M-N below); this is not observed when the nhx-2 promoter is used to express FLP.

 

Ayuso & Askjaer. doi: 10.17912/MICROPUB.BIOLOGY.000089
Fragoso-Luna et al. doi: 10.1101/2021.12.21.473632
Macias-Leon & Askjaer. doi: 10.17912/W2G66S
Muñoz-Jiménez et al. doi: 10.1534/genetics.117.201012
Rossi et al. doi: 10.1016/j.cub.2025.03.039
Spiri et al. doi: 10.1242/dev.199900
Van de Walle et al. doi: 10.1371/journal.pone.0242939

 

 Figure 3 from Muñoz-Jiménez et al. Tissue-specific FLPase activity. Transgenic animals expressing FLP D5 in specific cell types and the dual color reporter were observed by live confocal microscopy. (A-B) Promoter of rgef-1 (Prgef-1); projection of eight confocal sections (A; adult head lateral view) or single confocal section (B; adult tail lateral view). (C) Pdat-1; projection of four confocal sections of head of L4 larva. Note that the green channel represents co-expressed GFP::HIS-58 and mNeonGreen in this strain (see Supplementary Figure 3). (D-E) Ptph-1; projection of three confocal sections (D; adult head lateral view) or a single confocal section (E; adult vulva lateral view). (F) Pmec-7; projection of seven confocal sections of head of L4 larva. To ease visualization of the weak GFP signal the corresponding DIC image was not included in the merge. Asterisks indicate six unidentified neurons, whereas a seventh neuron might be FLPL. (G-H) Punc-47; late L1; projection of four confocal sections (G; head lateral view) or stitch of single confocal sections (H). (I-K) Phlh-8; single confocal section (I; adult vulva lateral view) or max projections (J; vulva region; eight confocal sections, K; posterior gonad loop region; fifteen confocal sections). Examples of body wall muscle (bwm), coelomocyte (cc), uterine muscle (um) and vulval muscle (vm) cells are indicated. (L-N) Pelt-2; L1 (L; projection of seven confocal sections) and L2 larvae (M; projection of seven confocal sections, N; single confocal section corresponding to boxed area in M; note weak GFP expression in the gonad primordium [*]). (O-P) Pmyo-3; projection of seven confocal sections of L2 (O) and L4 (P) larvae. (Q) Pmyo-2; projection of twelve confocal sections of adult head. (R-T) Pdpy-7; projection of eight (R; head lateral view) or ten (S; vulva lateral view) confocal sections of L4 larva or single confocal section of L3 larva (T). Examples of vulva cells (vul) and ventral nerve cord neurons (VNC) are indicated. Arrow points to intestinal cell that expresses both markers. (U) Pnhr-82; projection of four confocal sections of tail of young adult. Note that white nuclei indicate simultaneous expression of mCh::HIS-58 and GFP::HIS-58. (V-W). Plag-2; projection of six confocal sections (V) or single confocal section (W) of central region of young adult. Spermatheca (sp) and distal tip cell (DTC) are indicated. All micrographs are oriented with anterior to the left and ventral down. Scale bar 10 µm.